La respuesta corta es: Sí, puedes navegar sitios HTTPS normales usando Tor.

Las conexiones HTTPS se usan para proteger las comunicaciones entre ordenadores. Puedes leer más sobre HTTPS aquí El Navegador Tor viene con la extensión HTTPS Everywhere, que fuerza a miles de sitios que usan el protocolo HTTP a que usen el HTTPS, que es más seguro.