JavaScript devre dışı bırakıldığında çoğu web sitesi düzgün çalışmadığından, Tor Browser üzerindeki NoScript uygulaması, varsayılan olarak JavaScript kullanımına izin verecek şekilde yapılandırılmıştır. JavaScript varsayılan olarak devre dışı bırakılsaydı çok fazla sorun çıkacağı için çoğu kullanıcı Tor kullanmaktan vazgeçerdi. Hedefimiz Tor Browser uygulamasını olabildiğince çok kişinin olabildiğince güvenli bir şekilde kullanması. Bu nedenle JavaScript varsayılan olarak etkin bırakılmıştır.

Tüm HTTP web sitelerinde JavaScript kullanımının devre dışı bırakılmasını isteyen kullanıcıların Tor Browser "Güvenlik Düzeyi" bölümünden Tor Browser güvenlik düzeyi ayarını değiştirmeleri önerilir. Bu işlem Güvenlik Simgesine (adres alanının sağındaki küçük gri kalkan) ve "Gelişmiş Güvenlik Düzeyi Ayarları..." üzerine tıklanarak yapılabilir. Standart düzeyde JavaScript kullanımına izin verilir. Ancak "Daha Güvenli" ve "En Güvenli" düzeylerde HTTP web sitelerinde JavaScript engellenir.